Didier Raoult : autopsie d’une dérive scientifique française

Porté au rang d’icône antisystème, Didier Raoult était pourtant tout sauf un marginal. Comment un chercheur couvert d’honneurs a-t-il pu aller aussi loin ? L’affaire Raoult raconte moins la dérive d’un homme que les défaillances des institutions qui auraient dû l’arrêter.

Ce 11 septembre, HBO Max diffuse en France « Professeur Raoult vs le gang des cerises », une série documentaire en quatre épisodes consacrée à Didier Raoult, à l’hydroxychloroquine et à ceux qui, pendant la pandémie de Covid-19, ont tenté de vérifier ses affirmations et ses travaux.

Le casting dit déjà beaucoup de cette étrange histoire française. Il convoque Didier Raoult lui-même, deux anciens ministres de la Santé, Agnès Buzyn et Olivier Véran, mais aussi six citoyens s’étant réunis sur les réseaux sociaux sous le nom quelque peu énigmatique des « Cerises Trottinettes ». Les « cerises » renvoient au cherry-picking, cette façon de sélectionner les données qui confortent une hypothèse en oubliant celles qui la contredisent. La « trottinette », elle, fait référence à une étude parodique montrant, en mimant les méthodes statistiques contestées de certaines études sur l’hydroxychloroquine, que celle-ci pouvait tout aussi bien « protéger »… des accidents de trottinette que du virus ayant provoqué la pandémie. Parmi ces six enquêteurs, des enseignants, des chercheurs, des soignants et même la propre fille du professeur marseillais, elle aussi médecin.

Six ans après le début de la pandémie, l’histoire pourrait ne plus sembler d’actualité. Ce n’est pas le cas. Car l’affaire Raoult ne raconte pas seulement l’histoire d’un médicament inefficace. Elle offre le récit de la manière dont fonctionnent ou dysfonctionnent la science, ses institutions et ses contre-pouvoirs. Celui témoignant de la mécanique conduisant une réputation scientifique à devenir une autorité médiatique puis, progressivement, une entité rendant la contradiction presque impossible.

Pour comprendre comment nous en sommes arrivés là, il faut donc revenir avant la crise Covid. Car Didier Raoult n’est pas devenu Didier Raoult en mars 2020.

Avant Raoult, il y avait le professeur Raoult

Le premier contresens serait d’en faire un illuminé apparu avec les réseaux sociaux. Didier Raoult fut un scientifique internationalement reconnu. Microbiologiste et infectiologue, il mène avec ses équipes des travaux importants sur les rickettsies, la maladie de Whipple ou les virus géants. En 2010, l’Inserm lui décerne son Grand Prix. Le journal Le Monde le présente alors comme un « chasseur de microbes », l’un des chercheurs français les plus prolifiques et les plus cités avec déjà environ 1 300 publications, mais aussi comme un « anticonformiste ».

Puis vient l’institut hospitalo-universitaire en maladies infectieuses de Marseille (IHU Méditerranée Infection) : une institution considérable avec beaucoup de moyens, des centaines de collaborateurs et, au sommet, un patron dont le nom se retrouve sur une quantité vertigineuse d’articles et dont un immense portrait trône jusque dans les locaux de l’institution, disponible pour le plaisir de tous.

Le personnage est déjà là, avec ses cheveux longs, son goût de la provocation, son talent médiatique évident et sa capacité à multiplier les conférences diffusées sur YouTube ou les chroniques hebdomadaires dans Le Point. Raoult cultive l’image de l’homme qui pense contre les autres et qui, précisément parce qu’il pense contre les autres, finira par avoir raison. Tout ou presque lui réussit.

Cette impression d’élévation sans accroc mérite pourtant une première nuance. Dès 2006, bien avant le Covid, Didier Raoult et quatre de ses coauteurs avaient été interdits pendant un an de publication dans l’ensemble des revues de l’American Society for Microbiology (ASM). Un relecteur de la revue Infection and Immunity avait découvert que plusieurs figures présentées comme provenant d’expériences différentes étaient en réalité identiques. Deux coauteurs invoquèrent une erreur et en assumèrent la responsabilité, mais l’ASM jugea les explications insuffisantes et sanctionna les cinq auteurs. Raoult contesta la décision, quitta les comités éditoriaux de deux revues de l’ASM et interdit à son laboratoire d’y soumettre de nouveaux travaux. L’épisode, révélé au grand public par Science en 2012, aurait pu apparaître comme un accident isolé. Avec ce que l’on sait aujourd’hui, il prend nécessairement une autre dimension.

Et c’est peut-être là que commence l’histoire. Car une réputation scientifique ne dispense jamais d’apporter la preuve de ce que l’on affirme. Au contraire. Puis arrive la Covid.

« Fin de partie »

Début 2020, le monde découvre un nouveau virus. On connaît mal sa transmission, sa mortalité réelle, ses complications. Aucun traitement n’a démontré son efficacité et les premiers patients meurent. C’est dans ce moment d’incertitude maximale que Didier Raoult va apporter… des certitudes maximales.

Le 25 février 2020, dans une vidéo intitulée « Coronavirus : fin de partie ! », désormais supprimée de YouTube par l’IHU pour faire « table rase », il annonce que la chloroquine pourrait changer la donne et qualifie bientôt la Covid de « probablement l’infection respiratoire la plus facile à traiter ». Dans son amphithéâtre, en blouse blanche, la formule fait rire. En quelques jours, elle fera le tour du monde.

Le 20 mars est publiée l’étude Gautret et al., qui va servir de carburant à l’incendie. Trente-six patients au départ, dont 20 sont analysés parmi ceux ayant été traités. Pas de randomisation, un critère principal essentiellement virologique et un groupe contrôle constitué notamment de patients pris en charge à Nice. Or les PCR des patients niçois et marseillais n’étaient pas interprétées selon les mêmes modalités. Pour le dire simplement : si le thermomètre utilisé dans un groupe définit la fièvre à 38 °C, celui de l’autre le fait à 39 °C. Comparer le nombre de patients fébriles devient ainsi frauduleux en l’absence de discussion. La notice de rétractation publiée des années plus tard retiendra précisément cette discordance parmi les graves problèmes du travail.

D’autres biais sautent aux yeux : des patients sous hydroxychloroquine dont l’état s’était aggravé étaient transférés en réanimation ou voyaient leur traitement interrompu et disparaissaient de l’analyse finale.

Très tôt, plusieurs scientifiques et médecins (parmi lesquels Alexander Samuel, Lonni Besançon, Guillaume Limousin, Damien Barraud et d’autres, dont certains figurent dans le reportage HBO, désignés sous le pseudo « gang des cerises trottinettes ») décident de dénoncer la supercherie et se servent de Twitter pour s’unir et communiquer ensemble. Un des exemples des progrès indéniables que peuvent permettre les réseaux sociaux dans la lutte contre la fraude scientifique grâce au partage immédiat des informations.

Nous avons interrogé le Pr Mathieu Molimard, pharmacologue au CHU de Bordeaux et missionné par le ministère de la Santé en 2025 pour mettre en place une stratégie de lutte contre l’obscurantisme et la désinformation médicale. Il est l’un de ceux qui demanderont la rétractation de l’article et il se souvient : « Les failles méthodologiques de l’étude Gautret et al. étaient visibles dès la publication et signalées immédiatement par la communauté scientifique. L’essai n’était ni randomisé ni contrôlé selon les standards habituels, et les patients traités comme les témoins n’étaient pas nécessairement recrutés dans les mêmes centres. Plus grave, plusieurs patients du groupe traité qui s’étaient aggravés, avaient été transférés en réanimation ou étaient décédés ont été exclus de l’analyse finale, un vice méthodologique qui gonfle artificiellement l’apparence d’efficacité et a fait évoquer une fraude. Le Pr Raoult avait menacé Elsevier de procès s’il rétractait cet article, démarche d’avocat, ce qui n’est pas habituel en science ». Au passage, le Pr Molimard fait partie des personnes ayant été harcelées et diffamées depuis le début de l’histoire par une meute d’anonymes chassant en horde sur les réseaux sociaux, véritable face obscure de Janus sur un Twitter devenu X.

L’article sera finalement rétracté fin 2024. Mais quatre années plus tôt, le mal était fait.

L’hydroxychloroquine possédait tous les ingrédients du médicament miracle rêvé : ancienne, peu coûteuse, immédiatement disponible et déjà prescrite depuis longtemps pour soigner certaines maladies auto-immunes. Il suffisait d’ajouter un récit : le remède existe, mais « le système » refuse de vous le donner.

La question essentielle : « cette molécule fonctionne-t-elle ? » est alors devenue : « êtes-vous pour ou contre l’hydroxychloroquine ? » Une absurdité scientifique, mais une arme politique redoutable.

Des élus français de tous bords se sont alors mis à la réclamer. Et des médecins l’ont prescrite. Les chaînes d’information en continu ont pris le relais, diffusant en boucle des témoignages de « miraculés » et s’enflammant jusqu’à ce que Donald Trump évoque lui-même un « game changer » qu’il s’est administré de manière préventive. Aux États-Unis, la FDA accordera même temporairement une autorisation d’urgence avant de la retirer en juin 2020.

L’idée de tester l’hydroxychloroquine n’est alors pourtant pas scandaleuse, même si le Pr Molimard rappelle que le rationnel était déjà très fragile : échecs antérieurs de la chloroquine ou de l’hydroxychloroquine dans le SARS-CoV-1, MERS, le chikungunya ou le VIH, concentrations actives in vitro élevées et premières données cliniques chinoises… peu encourageantes. « Le 22 mars 2020, le réseau des centres de pharmacovigilance alertait sur le risque de l’hydroxychloroquine, dont le risque cardiaque connu et maîtrisé pouvait être amplifié par l’atteinte du cœur et la baisse du potassium sanguin d’origine virale et l’association à l’azithromycine, qui est l’antibiotique macrolide avec le plus d’impact cardiaque. Au bout d’un mois de traitement, plus d’une centaine de troubles du rythme cardiaque ont été rapportés au système de pharmacovigilance ». Des essais randomisés de phase III l’ont alors testée et trancheront rapidement : RECOVERY, Solidarity et d’autres ne montrent pas le bénéfice annoncé.

Scientifiquement, l’histoire aurait dû s’arrêter là.

En France, Olivier Véran encadre rapidement la prescription. Puis, le 27 mai 2020, après avis du Haut Conseil de la santé publique, la dérogation permettant l’usage de l’hydroxychloroquine contre la Covid est supprimée. On reproche beaucoup de choses aux autorités pendant cette crise. Sur ce point, elles ont fini par faire ce qu’exige la médecine : modifier une décision quand les données changent.

Mais à Marseille, l’histoire continue.

La Covid n’avait rien créé. Elle avait allumé la lumière

C’est ici que « l’affaire Raoult » change de nature. Fabrice Frank, informaticien indépendant, PhD en sciences, qui est présent dans le reportage HBO, nous raconte : « En 2020, des problèmes éthiques dans des publications ont commencé à être mis en évidence par Elisabeth Bik. Un jour, un anonyme m’a dit que je devrais regarder du côté de l’autorisation 09-022 [un avis du comité d’éthique de l’IHU donnant le feu vert pour un protocole précis, NDLR]. J’ai regardé. Je n’ai pas été déçu : 247 (aujourd’hui 258) articles la mentionnaient pour justifier des protocoles qu’elle ne couvrait pas. »

Le problème n’est évidemment pas qu’une autorisation soit citée plusieurs fois. Une même étude peut parfaitement donner lieu à de multiples publications. Mais ici, on trouve des populations différentes, des prélèvements différents, des études réalisées en France comme en Afrique. Et lorsque le document 09-022 sera finalement obtenu, il apparaîtra qu’il a irrégulièrement justifié nombre des prélèvements décrits. Fabrice Frank en fait état dans une première publication publiée en 2023, à laquelle j’ai eu l’honneur de collaborer.

Il poursuit ses recherches. « Suite à cela, j’ai regardé d’autres autorisations, et je me suis aperçu que ce n’était pas un cas isolé, mais une dérive systématique. Il fallait donc couvrir l’énorme bibliographie dont Didier Raoult était si fier. Après analyse, on pourra par exemple citer l’autorisation du Comité de Protection des Personnes (CPP) accordée pour un essai sur des slips anti-poux pré-imprégnés et utilisée pour faire des prélèvements sans rapport sur des SDF avant le début de l’étude en question et jusqu’à 6 ans après sa fin. On pourra aussi citer l’autorisation de comité d’éthique interne 2016-011 utilisée pour 48 articles publiés entre 2017 et 2022 avec des prélèvements divers en France et en Afrique. En outre, le rapport de l’IGAS (Inspection générale des affaires sociales) ainsi que les éditeurs de la Bibliothèque scientifique publique américaine ont confirmé que ce comité d’éthique interne n’était pas indépendant des auteurs mais, au contraire, en conflit d’intérêts avec eux. Jusqu’en 2021, son secrétaire était le futur successeur de Didier Raoult. J’ai, en outre, la preuve qu’il donnait des avis sans se réunir ni étudier le design des études, et qu’une demande effectuée à 19 h pouvait avoir une réponse favorable le lendemain matin à 8 h. Notons enfin que l’université d’Aix-Marseille a tout fait pour tenter de couvrir ces dérives alors que le rapport du Haut Conseil de l’évaluation de la recherche et de l’enseignement supérieur (HCERES) lui a demandé de prendre en charge la correction de la littérature scientifique issue de l’IHU, qui est aujourd’hui effectuée par des bénévoles. »

Notre dernière étude porte sur 2 674 publications de l’IHU entre 1994 et 2024. Elle a été publiée en août 2026 et a pu bénéficier d’une large couverture médiatique.

Nous en avons identifié 853 présentant des préoccupations méthodologiques, éthiques ou réglementaires : autorisations obtenues rétrospectivement, absence d’autorisation mentionnée, recherches réalisées à l’étranger sans autorisation locale rapportée, prélèvements chez des volontaires sains posant problème au regard de la réglementation.

Mais le résultat le plus troublant vient des autorisations elles-mêmes. Pour 374 publications, nous avons pu retrouver le document éthique invoqué. Dans 304 cas, soit 81,3 %, les prélèvements ou procédures décrits dans l’article ne semblaient pas couverts par l’autorisation correspondante.

Depuis, 64 (à la date de soumission de l’article, 74 aujourd’hui) articles ont été rétractés et 270 ont reçu une « expression of concern » (expression de préoccupation). Didier Raoult est désormais le 8e chercheur au monde comptant le plus d’articles rétractés, avec 61 publications retirées selon le classement de Retraction Watch.

Ce ne sont donc désormais plus seulement des critiques formulées sur Twitter par quelques adversaires de Didier Raoult. La Covid n’a rien créé. Elle a simplement allumé la lumière.

30 423 patients et une question vertigineuse

Mais ça n’est pas tout, car l’épisode le plus spectaculaire surviendra trois ans plus tard. En 2023, une étude portant sur 30 423 patients pris en charge à l’IHU, entre mars 2020 et décembre 2021, prétend à nouveau montrer un bénéfice de l’hydroxychloroquine associée à l’azithromycine.

Seize sociétés savantes dénoncent alors ce qu’elles qualifient de « vraisemblablement le plus grand essai thérapeutique sauvage connu à ce jour ». L’ANSM estime de son côté que ce programme relevait d’une recherche interventionnelle de catégorie 1 et aurait dû obtenir l’autorisation d’un comité de protection des personnes et celle de l’agence avant sa mise en œuvre. La justice est saisie.

Plus troublant encore : après le retrait de la prépublication initiale, une version du travail sera malgré tout publiée quelques mois plus tard dans une revue scientifique proche de l’IHU. Et c’est peut-être ici que se trouve la question essentielle de toute cette histoire. Comment a-t-on pu en arriver là ?

L’homme « antisystème » que le système avait fabriqué

Didier Raoult s’est longtemps présenté comme un rebelle, assiégé par les mandarins parisiens, les bureaucrates et une communauté scientifique incapable d’accepter la dissidence.

C’est oublier une évidence : Didier Raoult était lui-même le système. Il disposait aussi de relais politiques puissants, notamment à Marseille : Renaud Muselier, qui le connaissait depuis près de quarante ans et le présentait comme un ami, avait personnellement plaidé auprès d’Emmanuel Macron pour son entrée au Conseil scientifique Covid-19, qu’il intégra le 11 mars 2020 avant d’en claquer la porte presque aussitôt, le 24 mars 2020.

Le 9 avril 2020, à la surprise générale, en plein confinement et alors que la controverse sur l’hydroxychloroquine battait son plein, Emmanuel Macron se déplaça personnellement à l’IHU. Pendant près de trois heures, Didier Raoult lui présenta notamment sa nouvelle série portant sur 1 061 patients. La portée symbolique de la visite fut telle que l’Élysée dut préciser qu’elle ne constituait pas une validation de sa méthode. Emmanuel Macron reconnaîtra plus tard que « ce n’est pas au président de la République de trancher un débat scientifique », ajoutant que « ce n’est pas non plus à un homme scientifique d’acter des croyances scientifiques ». Restera une image : celle du chef de l’État venant consulter, au cœur de la crise, celui qui était au centre de la controverse. Pour beaucoup, elle eut valeur d’adoubement et illustre surtout l’accès exceptionnel dont Didier Raoult disposait alors jusqu’au sommet de l’État.

Grand Prix Inserm, professeur des universités-praticien hospitalier, directeur d’un IHU financé par l’État, il a constitué autour de lui un écosystème éditorial particulièrement favorable. L’exemple le plus spectaculaire est la revue New Microbes and New Infections, créée en 2013 et dirigée par son proche collaborateur Michel Drancourt, au sein de laquelle plusieurs chercheurs marseillais ont occupé des fonctions éditoriales. En 2020, près d’un tiers des 719 articles publiés par cette revue — 234 exactement — étaient signés Didier Raoult. Une concentration assez inhabituelle pour qu’elle interroge nécessairement sur la porosité entre ceux qui produisent la science et ceux en charge de la sélectionner et de l’évaluer.

Cette puissance rend aussi plus difficile la contradiction. Fabrice Frank décrit un climat de pressions, de harcèlement et de procédures visant ceux ayant contesté les travaux de l’IHU : « Depuis 2020 que nous travaillons sur ce cas, nous subissons des pressions. Elles prennent la forme d’un harcèlement quotidien, de menaces, d’intimidations. Nombre d’entre nous font l’objet de plaintes-bâillons, toutes perdues par les plaignants. En outre, Didier Raoult écrit lui-même dans son autobiographie qu’il a chargé un professeur de biochimie [Éric Chabrière, présent lui aussi dans le reportage HBO, NDLR] de son institut de la “réponse” sur les réseaux sociaux. Ce dernier se fait fort de harceler et de diffamer à tour de rôle toutes les personnes ayant un jour ou l’autre contredit son chef vénéré. Sa communication est souvent violente et cela a entraîné son éviction de l’AP-HM. Cependant, ni l’IHU ni l’université de tutelle, celle d’Aix-Marseille, n’ont fait quoi que ce soit pour mettre un terme à ces pratiques ou les condamner. »

« [Didier Raoult] s’est créé un réseau dans la droite marseillaise qui lui a permis d’avoir les moyens de ses ambitions démesurées. Ajoutons à cela des méthodes mafieuses. Sous son règne, l’omerta régnait à l’IHU et toute personne qui aurait souhaité s’opposer à lui n’y serait pas restée. Aujourd’hui encore, les gens ont peur de son pouvoir de nuisance. »

Il faut mesurer ce que cela signifie pour la science. Car son système repose sur une idée très simple : quelqu’un doit pouvoir dire au patron qu’il se trompe. Lorsque ce mécanisme disparaît, les diplômes, les titres et les milliers de publications ne protègent plus de l’erreur. Ils peuvent au contraire lui donner une puissance extraordinaire.

Didier Raoult a depuis été sanctionné par l’Ordre des médecins par une interdiction d’exercer pendant deux ans. Des procédures judiciaires concernant les recherches menées à l’IHU ont été ouvertes. Mais aujourd’hui, alors que les alertes ont commencé à être lancées depuis des années, beaucoup de questions restent sans réponse.

Et surtout, le phénomène Raoult a survécu. Des médecins, des universitaires et une partie du public restent convaincus que l’hydroxychloroquine fonctionnait et que son inventeur a été victime du système. C’est probablement le dernier enseignement de cette histoire. La science accepte l’incertitude, le doute. Le gourou les exècre.

La science dit : « voici ce que montrent les données disponibles aujourd’hui ». Le gourou dit : « j’avais raison depuis le début et personne n’arrivera à me convaincre du contraire ». La série de HBO raconte cette histoire. On en retiendra peut-être qu’il aura fallu quelques scientifiques, médecins et citoyens obstinés pour obliger tout un système à regarder ce qu’il avait trop longtemps refusé de voir. Avec deux questions très dérangeantes : comment un homme a-t-il pu aller aussi loin et pourquoi personne ne l’a-t-il arrêté plus tôt ?

Six ans après les premières alertes, malgré des dizaines de rétractations, des centaines de publications mises en cause et des investigations administratives d’une exceptionnelle ampleur, à notre connaissance, aucune condamnation pénale ne frappe Didier Raoult pour avoir mené une recherche médicale sans les autorisations éthiques requises…